Да, этическая система одна, но посылки поведения значительно изменяются. Это пример выбора (в некотором смысле, но и выбор верить-не верить тоже не совсем выбор), который имеет этические последствия, но они заведомо не рассматриваются a priori.

"Выбор" верить-не верить имеет просто более серьезные этические последствия, настолько, что меняет основания этики.

Этическая система существует в двух смыслах:
1) для человека, который ей просто следует,
2) для человека, который о ней рассуждает.
Несомненно, что для "философа" существование-несущестование Творца меняет все в корне. А вот для "профана" может ничего и не измениться, если этика, в которой он живет, уже такая.